Мечеть Хусаиния построена в 1892 году известным купцом I гильдии, меценатом Ахмет-баем Хусаиновым на улице Гостинодворской и являлась 6-ой соборной мечетью города Оренбурга. Место для строительства было выбрано в центральной исторической части города для формирования общего с медресе Храмового комплекса.
Мечеть строилась по проекту архитектора Корина. Хусаинов был известной личностью в городе. Однако местные власти дважды отказывали ему в строительстве. На третье прошение меценат все же получил одобрение от городской думы. Менее чем за два года мечеть была полностью подготовлена к эксплуатации.
В архитектуре здания прослеживаются детали нескольких европейских стилей. Ее мощный минарет, напоминающий колокольню западной церкви, прикрывает собой несколько громоздкое и асимметричное здание. Причина такого решения заключается в том, что заданный объем помещений был больше, чем могла вместить площадь здания, не нарушая нормы минимального расстояния до ближайшей постройки.
При мечети действует и медресе. Оно также было основано в конце XIX века по инициативе и на деньги Ахмеда Хусаинова. В медресе действовала 14-классная система обучения. Классы делились на три начальных, четыре средних, четыре переходных и три высших.
Мечеть Хусаиния была закрыта в 1931 году. В здании вначале разместили общежитие педагогического техникума. Позже оно находилось в ведомстве местного МВД. Летом 1991-го, по решению депутатов городского совета, мечеть была передана верующим. Мусульмане города сразу же приступили к восстановлению своей обители.
В здании провели полноценный ремонт, двор полностью очистили от накопившегося мусора. В апреле 1993 года в мечети уже был прочитан первый коллективный намаз. А через год ее минарет украсил золотой полумесяц. В наши дни в мечети проводится полный перечень религиозных мусульманских праздников и обрядов, а также уроки по основам ислама.